El pronombre «elle» tiene todo el sentido del mundo
Lo sabían bien los hablantes medievales.
El pronombre elle preocupa a mucha gente, pero realmente es totalmente lógico, como vamos a ver desde un punto de vista 100 % lingüístico.
Tenemos los demostrativos este y ese, pero luego tenemos aquel cuando deberíamos tener *aquele para que sea coherente con los otros dos (realmente, debería ser aquelle, ya que viene del pronombre latino ille: debería ser (aqu)elle, igual que de caballus es caballo y no *cabalo).
En cualquier caso, elle viene tal cual (sin esa especie de prefijo aqu-) del latín ille, igual que ella viene de illa. Ahora, elle se usaba todavía en la Edad Media; lo que pasa es que finalmente acabó absorbido por la versión —digamos— reducida él.
O sea, del demostrativo latino ille (que significaba ‘aquel’) salieron tres palabras:
aquel, al añadirle un refuerzo aqu- (el mismo que había antiguamente en aqueste y aquese), a su vez relacionado con el ecce de ecce homo (literalmente, ‘he aquí el hombre’)
el, el artículo definido
él, el pronombre personal, antiguamente elle
Aprovecho para dejar este vídeo en el que explico esta evolución, junto a la reestructuración de los demás demostrativos desde el latín hasta el español: